De vlag van Bonaire werd ingesteld op 15 december 1981. Voor het ontwerp van de Bonairiaanse vlag werd een prijsvraag uitgeschreven onder de bevolking. Doordat er geen overtuigend winnend ontwerp bij de inzendingen zat, is de vlag een compilatie van verschillende inzendingen geworden en werd gecreëerd door de toenmalige voorzitter van de Vlaggencommissie de heer Frans Booi.

De vlag van Bonaire is rechthoekig (2:3) met schuin oplopende banen opgesteld in de kleuren geel, zwart, rood, wit en blauw. De grootte en plaatsing van de kleuren en symbolen zijn vastgelegd volgens wiskundige verhoudingen.

Symbolen vlag:

• Cirkel: symboliseert een kompas en verwijst naar het feit dat Bonaireanen te boek staan als goede zeelui en vissers;
• Driehoeken: staan voor gelijkheid voor alle mensen uit alle windstreken;
• Zespuntige ster: vertegenwoordigt de zes oorspronkelijke woonwijken op Bonaire: Kralendijk, Nikiboko, Tera Còrá, Antriol, Nòrt di Saliña en Rincon;
• Rode kleur van de ster: staat voor het bloed en de overlevingskracht van de Bonaireaan;
• Gele baan: staat voor de zon en de bloemen en verwijst naar de één keer per jaar bloeiende kibrahacha;
• Witte baan: staat voor vrede en vrijheid;
• Blauwe baan: verwijst naar de zee.